Scheyern hat wegen seiner Gründungsgeschichte immer in enger Beziehung zur geistlichen und weltlichen Struktur im alten Bayern gestanden. Um 1119 schenkte die Gemahlin des Pfalzgrafen Otto von Scheyern-Wittelsbach deren Stammburg an den Benediktinerkonvent. Scheyern blieb aber bis 1253 Grabstätte der Wittelsbacher.
Nach der Sekularisation veranlasste König Ludwig I schon 1838 die Errichtung eines Priorats. Seit 1843 ist es wieder Benediktinerabtei und hat heute als Studienanstalt Bedeutung.